En el año 2015 Manos Limpias empezó a denunciar los cursos de formación.

Manos Limpias se personó en el fraude de los cursos de formación en los siguientes juzgados:

Juzgado de Instrucción nº 6 de Sevilla, Instrucción Nº 3 de Cádiz; Nº 8 de Málaga, Nº 4 de Almería; Nº 8 de Córdoba, Nº 5 de Huelva; Nº 1 de Granada; Nº 4 de Jaén; en la Comunidad Autónoma de Madrid, en el Juzgado de Instrucción Nº 9 de Madrid.

Se formuló escrito de denuncia ante la Fiscalía contra la Corrupción, porque se estimó que existían indicios suficientes para considerar que se habían cometido fraudes en la justificación de los cursos de formación, y en consonancia con la Ley Orgánica  del Consejo General del Poder Judicial el órgano competente sería la Audiencia Nacional.

También se solicitó al Ministerio de Justicia y al CGPJ (Consejo General del Poder Judicial) la creación de un juzgado específico  central dentro de la Audiencia Nacional para instruir el mayor fraude de la historia de España, que sólo en Andalucía superaban los 3 mil millones de Euros lo defraudado.

La juez Mercedes Alaya, que fue instructora de los casos ERE, Mercasevilla o los cursos de formación, ha asegurado que PSOE y PP votaron en el Consejo General del Poder judicial "apartarla" de las macrocausas porque había "miedo" a que siguiera investigando los cursos de formación, donde se habían encontrado hechos "sumamente graves".